În timpul războiului, SIS a cunoscut o dezvoltare spectaculoasă a efectivelor şi cheltuielilor. Dacă în 1940-1941 cheltuielile serviciului se cifraseră la puţin peste un milion de lire sterline, peste trei ani atinseseră 4.699.000 lire sterline. La fel efectivele crescuseră de la 42 ofiţeri, în aprilie 1939, la 307 ofiţeri în aparatul central şi 253 în staţiile din exterior, la începutul anului 1944.
O altă modificare importantă a fost cea privind impunerea salariilor la plata impozitelor. Până atunci, personalul MI5 şi SIS era scutit. Războiul, cu cheltuielile suplimentare pe care le-a implicat, a impus – ca să folosim un termen la modă – lărgirea bazei de impozitare. Şeful SIS, colonelul Menzies s-a opus cât a putut acestei măsuri, invocând tot felul de argumente, între care şi riscurile privind deconspirarea personalului. Tot ce a obţinut a fost ca doar cei nou-angajaţi în SIS, din aprilie 1942, să plătească impozit pe salariu.
S-au produs şi modificări în procesul de pregătire a agenţilor. Unul dintre primii beneficiari ai noului program a fost scriitorul Graham Greene, pregătit să fie trimis în Africa. I-au fost prezentate toate secţiile serviciului. Ca să capete cât de cât deprinderi militare, căci urma să acţioneze sub acoperirea de ofiţer, a fost trimis la un curs general pentru ofiţeri.
